1971年「聯合國教科文組織」發起的「人與生物圈計畫」提出了生物圈保護區的概念，以其空間結構上的功能分區特點，打破了傳統的自然保護區封閉式的保護，而為一個開放系統。典型的生物圈保護區在空間結構上應包含三種功能區：

1. 核心保護區：每個生物圈保護區可以包含一個或多個核心區。核心區是根據明確的保護目的而受到嚴格保護的，代表某一生物地理區域的典型生態系統，由於核心區域一般是未受干擾或僅受到最低限度干擾的生態系統，因此它不僅是保護生物多樣性的核心區域，且為進行研究、監測的工作區。
2. 特別保護區：為使核心區受到嚴格保護，通常其外圍有一緩衝區包圍著，其形狀與核心區近似。在緩衝區中可以進行一些與核心區的保護目的相符的活動，例如研究、環境教育、環境監測、培訓、生態旅遊等。並可進行少量不影響保護資源利用活動。
3. 一般景觀區：包圍在核心區與緩衝區外圍的是過渡區，過渡區與保護區周圍的居民緊密聯繫。可以開展實驗研究、傳統的土地利用等。

在現階段澎湖海洋地質公園規劃，是以澎湖全區為地質公園概念，核心區包括目前的自然保留區、野生動物棲地保護區以及自然紀念物。保留（護）區依現行規定進行管制，而自然紀念物將依照「自然地景與自然紀念物指定及廢止審查辦法」之標準劃設並依循相關規範，皆具有較嚴謹的地景保育地位；環境教育區則規劃自然地質景觀與重要地景為景點；以及納入周邊社區生活為產業發展區，以所在地的生態人文資源為基礎，創造具人文與自然環境互為表裡的地質公園，符合世界地質公園之規劃方向。

澎湖海洋地質公園目前規劃設立之分區為下列分區（點擊可看詳細內容）：
＊核心區為玄武岩自然保留區、海鳥保護區、綠蠵龜產卵棲地保護區及自然紀念物。
＊環境教育區為自然地質景觀、重要地景、國家重要濕地。
＊產業發展區為環教區周邊之居民生活社區及其周圍海域。