就地質地形的特色而言，澎湖群島具有臺灣較古老的火山地質景觀。因板塊碰撞，所導致大地擴張構造活動和板塊張裂，並引起區域火山活動，並使岩漿大量溢出於澎湖海域。而隨著玄武岩熔岩流冷卻後，形成規則性高的柱狀節理，或因熔岩流營力作用的影響，而呈現彎曲傾斜的多樣性柱狀節理。
因此澎湖國家海洋地質公園以玄武岩地景與海洋生態著名，當地地景不但具稀有性、特殊性，更具環境研究和科學教育的重要性，所在地的生態人文資源提供理解當地文化生態的基礎，創造具人文與自然環境互為表裡的地質公園。
