白沙嶼
- 位於白沙鄉鳥嶼北方約四公里的海域，地質年代約為一千三百二十萬年，因島嶼西南方有一片白色貝殼沙而得名。
- 全島柱狀節理發達，有受到海水侵蝕而形成的豆腐狀的灘岩及壺穴，東岸有造型特殊的塔狀及彎曲玄武岩，平台上有岩脈及似火口穹狀地。
核心區-自然保留(護)區
澎湖玄武岩自然保留區
雞善嶼
- 位於湖西鄉北寮村東北方約四公里的海上，地質年代約一千兩百二十萬年。
- 原為一完整的熔岩台地，因激烈的海蝕作用而分割成大、小兩島。
- 大雞善嶼周圍有海蝕溝、海蝕洞數處，不僅具有特殊的地質景觀，也是數種燕鷗棲息地。
- 小雞善嶼四周均為筆直的柱狀玄武岩，柱狀節理清晰，狀似「管風琴」，十分雄偉壯觀。
錠鉤嶼
- 位於雞善嶼東南方約一公里處，地質偏遠，海流湍急，岩壁陡峭。
- 地質年代約為一千一百八十萬年，由四個玄武岩的岩礁組成。
- 全島玄武岩緻密，岩石中常含有橄欖岩塊，且流出地表的熔岩因所處的空間位置不同，冷卻後形成各種不同方向的柱狀節理。
澎湖南海玄武岩自然保留區
東吉嶼
- 位於著名的黑水溝附近，因為海域海流險峻，故設有燈塔供往來船隻辨認方向，燈塔的下方有柱狀玄武岩。
- 碼頭附近，也可見到玄武岩熔岩流噴發時所形成的微輝斑岩，下方有海蝕平台，是由火山集塊岩構成，岩石中有巨大輝石礦物結晶出現，是此嶼較著名的火山碎屑岩出處。
- 島嶼南北兩端地勢較高約47公尺，中間較低為主要聚落集中區。
西吉嶼
- 位於東吉嶼西方約5公里處，屬於平坦的方山地形。
- 北側及西北側的柱狀玄武岩，條理分明，排列整齊，綿延約800公尺，十分壯觀為島上最特別的景觀。
- 坡度較陡處集中於島嶼北側，最高處約23公尺。
頭巾
- 位於望安島南方約7公里，由許多岩礁構成的，其中較大的岩礁有6個。
- 呈傾斜狀玄武岩，蓋在火山角礫岩之上，成一不整合面。
- 島上地勢陡峭，岩礁眾多，不易攀爬，故成為各種燕鷗棲息繁殖的場所。
- 在火山角礫岩層中，初步分析有三條岩脈，每條約30-50公尺，岩性為黝黑色玄武岩，有數條岩脈貫穿於海蝕平台上，平台上也散佈著大小不等的壺穴。
鐵砧
- 由兩支屹立於海蝕平台上的巨大海蝕柱構成，因狀似鐵砧而命名，也是燕鷗候鳥棲息與繁殖的場所。
貓嶼海鳥保護區
大貓嶼、小貓嶼
- 位於望安島西南方約16公里處，為玄武岩構成島嶼，形狀如大小兩隻貓趴在海上。
- 大貓嶼高約70公尺，為澎湖群島的最高處，東側有一海蝕平台，可供賞鳥者登錄。
- 小貓嶼位於大貓嶼東方，退潮時有寬約10公尺的海溝相連，高約50公尺，四周崖壁陡峭，無法攀爬，仍維持完整的自然風貌，附近海域受南海海流及黑潮支流影響，漁產豐富，成為燕鷗的最佳棲息場所。
- 每年夏季，澎湖群島的無人島嶼都會成為夏季海鳥（燕鷗鳥類為主）的繁殖地，貓嶼島上的海鳥資源最為豐富與特殊。
- 澎湖縣政府於1911年5月依野生動物保育法公告貓嶼為海鳥保護區，成為台灣第一個海鳥生態保護區。
- 保護區範圍包含大、小貓嶼陸地部分及其向外延伸100公尺之海域部分，總面積約36.2公頃。
望安島綠蠵龜產卵棲地保護區
望安島
- 澎湖縣望安島為台灣目前少數僅剩之綠蠵龜產卵棲地，澎湖縣政府遂於84年1月17日將望安島沙灘公告劃設為「綠蠵龜產卵棲地保護區」，為台灣目前唯一的海龜產卵保護區。
- 共劃定6處海龜產卵的沙灘為野生動物保護區，保護區面積有23.3公頃。
自然紀念物
赤嶼
- 赤嶼與番仔石坐落於澎湖縣湖西鄉北寮村，位在澎湖本島東北側。
- 赤嶼—漲潮時為一獨立小島，退潮時僅露出一條長約３５０公尺、寬約５０公尺的玄武岩礫石小徑，與北寮海堤相連。
番仔石
- 番仔石—赤嶼東南方約１公里的海蝕平台上有一片長寬高約１００公尺Ｘ３公尺Ｘ１.５公尺不規則範圍的玄武岩捕獲橄欖岩，是高壓環境下礦物的特徵，其分布密度高居全澎之冠，相當珍貴。
鯨魚洞
- 鯨魚洞與火山口湖遺跡坐落於澎湖縣西嶼鄉小門嶼，位在澎湖本島之西側。
- 鯨魚洞—為海蝕作用形成之海蝕拱門。
- 可達性高且易於觀察到海蝕拱門地貌，加上形狀如鯨魚而被賦予許多傳說，使其成為澎湖群島極具有故事性的玄武岩海蝕地形。
火山口湖遺跡
- 後期的玄武岩熔岩流覆蓋在古火山口的特徵。
- 從小門嶼的火山口湖遺跡剖面，可觀察到沉積岩含有泥煤，顏色呈現黑色，泥煤層與上覆熔岩交界處呈現烘烤構造。最下層則可見噴氣孔遺跡的硫磺層。岩壁層層構造顯示出的火山口演化史剖面，使小門嶼火山口湖遺跡成為稀有與獨特的地質景觀。
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