桶盤嶼
- 島上地層顯著，玄武岩柱狀節理球狀風化外貌千變萬化，海蝕平台上又有蓮花座的似火山口地形，景觀十分特殊。
自然地質景觀
北寮奎壁山
- 周圍有斷層、岩脈、岩床、壺穴、海蝕柱及十分壯觀的柱狀玄武岩，山頂有澎湖爵床、澎湖大豆等澎湖植物，兩島間有一條海底步道，潮間帶生物豐富。
吉貝嶼
- 該島擁有全澎湖最密集的石滬群及最完整的淺坪，南側沙嘴更是全台最長最寬的珍貴沙嘴地形，偶有綠蠵龜上岸產卵。
小門嶼
- 其地層是近代堆積岩，組成岩石為殼灰岩，由生物介殼遺骸、石英粒及微小有孔蟲膠結而成。西北角的鯨魚洞是典型的海蝕拱門，目前設有地質館。
望安島
- 天台山地質之岩石為微輝長斑岩（俗稱粗粒玄武岩），其節理成片狀，山丘是崗山草原的代表地，山麓附近為望安文石產地及綠蠵龜產卵地。
七美島
- 呈現各種方向的柱狀、板狀節理，岩層間又有岩脈、斷層、皺褶、壺穴等地質構造及特殊地形景觀；島上多處文化遺址，出土文物有陶器、石器、玉器十分珍貴，頂隙潮間帶有極富盛名的雙心石滬。
東嶼坪
- 位於澎湖望安島東南方10公里海域上。島嶼地形由中央鞍部區分為南北兩陸塊，南為虎頭山，北為八卦山，島嶼四周多為陡峭海崖。本島的上部玄武岩是澎湖火山活動末期所形成，距今約8百萬年前。東嶼坪南北兩陸塊柱狀節理發達，北岸有數條岩脈蜿蜒分布，甚至互相截切成垂直狀，而其岩脈有如高聳岩壁，突出於由凝灰岩所構成的岩石濱台上，且延伸至內陸海崖，相當奇特。
西嶼坪
- 位於澎湖馬公南方約30公里海面上，島嶼形狀略呈一平行四邊形，整體地形為一典型的方山台地，台地面平均高度約 30 公尺，最高處位於西南側，海拔高度為 42 公尺，台地面由南向北緩降。島嶼海岸多由海崖與礫灘所構成，海崖高聳，特別是西岸玄武岩的柱狀節理明顯，氣勢相當磅礡。高聳的柱狀節理海崖，以及多樣性的海蝕地景為此島重要的地景資源。
澎湖南方四島國家公園附屬小型島礁
- 未經過度開發的南方四島，自然生態、地質景觀等資源，都維持原始、低汙染的天然樣貌，尤其生態資源珍貴且物種多樣性高，海域珊瑚礁生長茂密，是浮潛者的天堂。
重要自然地景
姑婆嶼
- 澎湖北方無人島面積最大島嶼，過去以冬季紫菜採集的傳統產業活動聞名。
- 本島呈南北走向，亦屬方山狀台地，主體由黝黑的玄武岩所構成，南側局部有珊瑚碎屑白色沙灘，形成黑白對比，台地上出露更新世時期的「小門嶼層」，類似於小門嶼頂部的殼灰岩及鐵質石英砂岩，意味經歷過高海水位時期，且全島曾沉溺於海水面下，方可構成此岩性之環境。
金嶼
- 最具特色之處有變化多端的柱狀節理，有直立狀、橫臥狀與放射狀。
- 依據岩漿冷凝收縮與接觸面之關係，本島可見到大規模橫臥狀柱狀節理,表示當時的節理形成位置可能為地下的岩漿通道或侵入的岩漿匯聚並上引之位置。
- 出露地底下之地質構造，代表的是後期海水運動的旺盛侵蝕力，已將原有的「火山地形」破壞殆盡，此地景係為講解澎湖地景形成的極佳天然教室。
煙墩山
- 上層的柱狀玄武岩含有橄欖石團塊的擄獲岩，下方的潮間帶間，可見長達百公尺的岩脈景觀。
- 全新世千年尺度古海水面上升的地景。
- 東側的地下水庫區，原為一縱深800公尺，橫寬約1公里的內灣，灣內表層覆蓋近5公尺厚的海相沉積物。
員貝北海岸
- 大多為丘陵地形，形狀像是一扇貝覆蓋水面。
- 北海岸玄武岩柱狀節理發達，呈現傾斜、倒臥、彎曲等各種型態，有傾斜狀柱狀節理的「石硯」、海蝕柱的「石筆」以及塔狀柱狀節理的「百褶裙」。
大池海岸
- 在大池海岸的海崖上，其坡型、組成物質、崖高在短短600公尺的距離內具有多樣性的形貌。
- 從海崖組成物質顯示，此處至少有經歷兩次以上火山噴發，在兩次噴發的間隔，因風化發育成紅土層，紅土的觀賞位置在濱台後方的海崖。
- 濱台地形相當發達，且具多樣性，可作為海岸地形演育的天然教室。
大菓葉
- 具傾斜柱狀節理，節理發達。
- 為著名觀光地且具交通便利性。
池西熔岩
- 大池至池西的海崖為西嶼西部最宏偉的玄武岩，且池西玄武呈棕黑色，熔岩流呈層狀構造，柱狀節理呈彎曲狀、直立狀、放射狀，至為壯觀。
花嶼
- 全島岩石組成，以中性安山岩與酸性流紋岩為主，有別於澎湖群島其他各島嶼之基性玄武岩，特別是島嶼東、西、北三面岩石裸露的海岸，有多種不同岩脈交錯，展現出極度破碎風化嚴重獨特的地質景觀。
- 花嶼表土層有超過50條岩脈，其中以石英質岩脈居多。
- 質被具原生性，並無大面積外來草種分布。
船帆嶼
- 為高25公尺的獨立岩塊，遠眺有如船帆。
- 由微輝長斑岩構成，節理多呈片狀。
- 漲潮時與將軍嶼分離，退潮時又相連，為一典型陸連島。
七美石器工廠
- 主要分佈在南港、東湖與西北灣，其中以西北灣保存最完整，遺址中散佈了大量的石器原料、廢料、成品和工具，其規模之大，在新石器時代的世界各地都相當少見。
- 提供許多史前研究的重要訊息，如當時生產消費模式、社會結構以及石器製造的專業化和空間結構等，也證實當時人類的航海能力。
內垵遊憩區
- 由內垵遊憩區周遭巨大玄武岩柱富含巨型氣孔可推測當時熔岩形成環境富含水，而玄武岩層夾厚層泥岩的部分，則可推測曾為海口淤積地形，成為潘氏澎湖鱷棲地。潘氏澎湖鱷是在西嶼鄉內垵村海邊被發現，經科學家鑑定是新屬、新種的鱷。相關研究顯示，此為在台灣及鄰近地區發掘到最古老的脊椎動物化石，也是保存相對最完整的鱷類化石。
西嶼外垵北岸
- 外垵位在西嶼的最南端，因地形上的天然屏障，使外垵村不易受東北季風侵襲，使其成為西嶼鄉人口最多的聚落。外垵北岸可看見許多玄武岩流與碎屑性沉積岩交間成層的海崖，此處岩層大約可看到兩層玄武岩與兩層沉積岩。
七美雙心石滬
- 七美的「雙心石滬」因鄰近頂隙漁港又稱為頂隙滬，狀似兩個心型而聞名，吸引眾多的情侶前來，成為澎湖觀光的代表景點之一。
吉貝石滬群
- 擁有百餘口石滬的吉貝嶼，以石滬的高密度及結構多樣化稱冠全球，獲得了「石滬的故鄉」之美名。另有「吉貝石滬文化館」成立於民國92年，位於吉貝旅遊中心內，是文建會補助澎湖縣的第一個民間文化館，展示完備的石滬文物和相關訊息。
國家重要濕地
青螺濕地
- 青螺濕地面積遼闊，為澎湖最大的紅樹林復育區，且保育類鳥種小燕鷗在此繁殖，為澎湖鳥類最大棲息地與度冬地之一。擁有豐富的自然和人文生態資源，為澎湖重要的生態敏感區。內政部營建署於民國 96 年將其列為國家級重要濕地。
菜園濕地
- 「菜園里」的濕地為馬公市最大，也是最完整的濕地，因此被選為紅樹林的復育地點。該濕地為馬公市區最適合生態遊覽與戶外教學的地點，涵蓋多樣性濕地型態，海域遼闊，面積廣大，且離馬公市區近，交通便利，已具有國家級濕地公園的規模與條件。