澎湖群島的玄武岩，係熔岩多是從地底裂隙湧出地表而冷卻成各島，目前已知其誕生年代約1740萬年前(望安天台山)至820萬年前(東嶼坪嶼)，在地表上可見到2至4層熔岩，其地質年代屬第三紀中新世的中期至晚期，此地層在漁翁島最清晰，稱為「漁翁島層」，由於此地遍佈全澎各島，故以「漁翁島群層」稱之，或簡稱『澎湖層』。
澎湖群島地層簡表
| 地質年代 距今年數（百萬年） |
地層名稱 | 主要岩性 | ||
|---|---|---|---|---|
| 新生代 | 第四紀 | 晚全新世（現代） （0.01） |
現代海濱堆積層 | 石英沙、泥、礫石和珊瑚、現代種有孔蟲及貝殼碎片 |
| 早全新世 （0.01） |
湖西層 | 灰黃色至灰褐色粉沙質泥岩，下部有含化石沙層（含現代種貝殼） | ||
| 更新世 （1.6） |
小門嶼層 | 殼灰岩（上層，局部含有哺乳動物化石）與鐵質石英砂岩（下層） | ||
| 第三紀 | 上新世（5.3） 晚中新世（8.2） ｜ 中中新世（17.4） |
澎湖層 | 一至三層玄武岩岩流，最多可見四層，局部間夾砂岩，泥岩和砂泥岩互層、凝灰質砂岩或火山凝灰角礫岩（玄武岩）之年齡在8-17百萬年之間 | |
| 早中新世 ｜ 漸新世（33.6）始新世（57.8） 始新世（66.4） |
白沙島群 （地下地層） |
以砂岩為主，間夾石灰岩 | ||
| 中生代 | 白堊紀－侏儸紀 | 澎湖系（暫訂）（208） | 白沙島群（地下地層） | 安山岩質為主的火山熔岩，及部分岩脈，與泥質岩的捕擄岩（僅見花嶼，火山岩之質變年齡為60-65百萬年） |
| 花嶼群（花嶼火山雜岩） | ||||
圖－為假整合 -------為不整合。
本表整理自陳培源、張郇生(1995)「澎湖群島之地質與地史」及曹恕中等(1999)「台灣地質圖：澎湖群島」