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馬祖地質公園有非常豐富的海洋資源、生態資源等以及戰地政務創造的地景。馬祖地區的自然與人文景觀具高度資源價值與意義，包括各種漁業資源、潮間帶資源，生態資源(例如，黑嘴端鳳頭燕鷗等鳥類資源)、以及馬祖石蒜特有的植物，均顯示其資源獨特性；閩東建築文化與軍事坑道等，也記錄了過去人類活動的歷史。尤其是近數十年的兩岸對峙所創造的戰地景觀，作為文化資產，對臺灣與全球社會都有特殊意義。
馬祖列島大部份是由花岡岩組成，東引則以閃長岩為主，另外在西莒的流紋岩則顯示不同的火成岩呈現的岩石多樣性。這些岩石歷經千萬年來的海浪侵蝕以及風化作用，呈現多樣化的景觀，層次分明的節理，彰顯浪濤錘鍊與壯闊險峻的海崖、海拱、海蝕柱、海蝕洞等地景。
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